El mecanismo que conduce a la criptoflorescencia es complicado, pero sus causas se deben a la concentración de sales solubles, que se cristalizan en los poros debajo de la superficie del material y que crean una presión al interior de los poros del material.
Al parecer son varios los factores que inciden en la aparición de las criptoflorecencias tales como el tipo de material, constitución, absorción de agua, tamaño de los poros, disolución, almacenaje de los materiales, humedad, evaporación y sales existentes en los morteros utilizados, exposición de los materiales a la humedad.
La presencia de criptoflorescencia en un determinado material puede dar paso a tensiones que desencadenen una exfoliación y ser la causa de la desintegración paulatina del material.
Para que se presente la criptoflorescencia debe haber presencia previa de algún tipo de humedad y sales.